Lambang dari STAI Al-Bayan Makassar berbentuk Segi Delapan.  dibagian pinggirannya dan dibagian tengah terdapat gambar dua buah Kubah mesjid yang bersusun dan dibawahnya kubah terdapat sebuah Buku yang terbuka kemudian bagaian paling bawahnya ada pena dan ditutup dengan sebuah lekukan berbentuk pita. Dan mempunyai arti sebagai berikut :

• Segi Delapan artinya Visi Hidayatullah dalam membangun peradaban Islam yang universal rahmatan lilalamin
• Dua buah kuba yang bertumpuk melambangkan kultur keislaman dan pusat integrasi keilmuaan.
• Buku atau kitab yang terbuka artinya simbol ilmu pengetahuan
• Pena yang menghadap kebawah mempunyai makna dimensi kreativitas yang tidak terbatas
• Lekukan pita artinya bahwa STAI Al-Bayan sebagai tempat belajar dan menimba ilmu dan IPTEK dengan dasar-dasar islam yang kokoh.
• Warna Hijau artinya kedamaian, ketenangan dan pembaharuan.