Visi STAI Al-Bayan adalah Menjadi pilar Gerakan Tarbiyah dan Dakwah Menuju Islamic Worldview Tahun 2035

Misi STAI Al-Bayan adalah:

1. Menyelenggarakan pendidikan untuk melahirkan generasi Islami yang berkarakter.
2. Melaksanakan penelitian yang berorientasi pada pengembangan IPTEK yang berwawasan Islami.
3. Berperan aktif dalam pengabdian masyarakat melalui program-program pelatihan, pendampingan, penyuluhan dan advokasi.
4. Menerapkan prinsip-prinsip good university governance dan profesionalisme baik internal maupun eksternal.
5. Aktif menjalin kerjasama dengan lembaga pemerintah pusat dan daerah, non pemerintah, swasta dan lembaga usaha.

Tujuan STAI Al-Bayan adalah:

1. Menghasilkan sarjana kader muslim yang memiliki akidah yang kokoh, akhlak mulia, ilmu dan wawasan  luas, keterampilan hidup (life skill), dan daya juang kuat untuk diabdikan kepada bangsa dan negara serta ummat.
2. Menghasilkan, mengembangkan, menyebarluaskan pemikiran dan karya ilmiah berbasis integrasi antara ilmu Al Qur’an dan Sains untuk meningkatkan martabat dan taraf kehidupan masyarakat.
3. Mewujudkan masyarakat yang kreatif dan inovatif melalui program-program pelatihan, pendampingan dan penyuluhan serta advokasi seabagai wujud pengabdian kepada masyarakat.
4. Mewujudkan iklim dan tata kelola STAI Al Bayan yang baik berdasarkan prinsip transparansi, akuntabilitas, bertanggungjawab, adil, kemandirian, kesetaraan dan kewajaran.
5. Mewujudkan masyarakat dan lingkungan intelektual yang berbasis Islamic Worldview.